Tujuan pembelajaran dengan metode saintifik adalah sebagai berikut:
a. Meningkatkan kemampuan intelektual, khususnya kemampuan berpikir tingkat tinggi siswa;
b. Membentuk kemampuan siswa dalam menyelesaikan suatu masalah secara sistematik;
c. Memperoleh hasil belajar yang tinggi;
d. Melatih siswa dalam mengomunikasikan ide-ide, khususnya dalam menulis karya ilmiah; serta
e. Mengembangkan karakter siswa.
Kelebihan metode saintifik dengan metode ceramah adalah bahwa metode saintifik dapat mengembangkan kemampuan berfikir kritis dan inovatif, bekerjasama/kolaborasi, berkomunikasi, kreativitas. Hal yang demikian tidak ditemukan pada metode ceramah.
